賽庫生物最近3篇引用文獻(xiàn)解讀——nature communications 2篇&ADVANCED SCIENCE 1篇.
01 組蛋白翻譯后修飾（hPTMs）介導(dǎo)的相互作用組研究工具開發(fā)——光親和新型探針
01 組蛋白翻譯后修飾（hPTMs）介導(dǎo)的相互作用組研究工具開發(fā)——光親和新型探針
[題目]：Development of nucleus-targeted histone tail-based photoaffinity probes to profile the epigenetic interactome in native cells（開發(fā)基于細(xì)胞核靶向組蛋白尾基的光親和探針，以分析天然細(xì)胞中的表觀遺傳相互作用組）
[發(fā)表期刊]：Nature Communications（IF=14.7）
[DOI號(hào)]：10.1038/s41467-024-55046-8
[發(fā)表單位]：合肥工業(yè)大學(xué)/中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)/清華大學(xué)等。
[引用產(chǎn)品]：細(xì)胞系RAW264.7（CellCook）
[研究思路]：用于hPTM介導(dǎo)的蛋白互作研究的新型光親和探針開發(fā)
[研究?jī)?nèi)容]：組蛋白翻譯后修飾（hPTMs）在調(diào)節(jié)染色質(zhì)相關(guān)的蛋白互作（PPIs）中起關(guān)鍵作用，本文將細(xì)胞穿透肽（CPP）和核定位信號(hào)（NLS）模塊整合到帶有光反應(yīng)基團(tuán)的hPTM肽中，通過Fmoc固相肽合成法（SPPS）合成一系列探針（如H3K4me3探針1）并對(duì)其進(jìn)行優(yōu)化；通過共聚焦激光掃描顯微鏡（CLSM）和流式細(xì)胞術(shù)分析，證實(shí)NLS和CPP模塊對(duì)探針1核靶向至關(guān)重要，確定了最佳的CPP和NLS模塊組合。體外光交聯(lián)實(shí)驗(yàn)表明，探針9能特異性捕獲H3K4me3介導(dǎo)的相互作用蛋白且對(duì)細(xì)胞活力影響小。在對(duì)HeLa細(xì)胞中H3K4me3相互作用組和RAW264.7細(xì)胞中hPTM相互作用組（H3K4me3、H3K9cr和H3K9la）分析中發(fā)現(xiàn)多個(gè)已知和潛在的H3K4me3結(jié)合蛋白及不同細(xì)胞系中hPTM相互作用組存在差異，并驗(yàn)證了AF9與H3K9la的相互作用。
[創(chuàng)新點(diǎn)]：開發(fā)了一種能在天然細(xì)胞中原位分析的基于組蛋白尾部的核靶向光親和探針，未來可拓展到原代神經(jīng)元和組織研究，還可結(jié)合SILAC定量蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)一步探索。
（hPTM介導(dǎo)的相互作用組示意圖）
02 基因毒性治療損傷修復(fù)新機(jī)制——VPS41促進(jìn)KAI1降解
[題目]：EccDNA-Driven VPS41 Amplification Alleviates Genotoxic Stress via Lysosomal KAI1 Degradation（EccDNA驅(qū)動(dòng)的VPS41擴(kuò)增通過溶酶體KAI1降解減輕遺傳毒性應(yīng)激）
[發(fā)表期刊]：Advanced Science（IF=14.3）
[DOI號(hào)]：10.1002/advs.202501934
[發(fā)表單位]：四川大學(xué)等
[引用產(chǎn)品]：細(xì)胞系HEK 293T（CellCook）、 A375（CellCook）、 SiHa（CellCook）
[研究思路]：篩選研究染色體外環(huán)狀DNA（EccDNA）關(guān)鍵基因在輻射損傷修復(fù)中的作用機(jī)制
[研究?jī)?nèi)容]：基因毒性療法（電離輻射等）是重要的癌癥治療手段，但會(huì)引發(fā)如放射性皮膚損傷（RISI）等副作用，目前缺乏有效治療方法。EccDNA與DNA修復(fù)、基因組不穩(wěn)定性有關(guān)，本文通過電離輻射構(gòu)建大鼠放射性皮膚損傷模型，用Circle-Seq技術(shù)分析EccDNA篩選確認(rèn)其中顯著上調(diào)的關(guān)鍵基因VPS41，并于體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)VPS41與KAI1相互作用可促進(jìn)KAI1經(jīng)溶酶體途徑降解從而抑制輻射誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡，VPS41過表達(dá)能降低輻射誘導(dǎo)的細(xì)胞內(nèi)活性氧水平和DNA損傷，減少細(xì)胞凋亡和減輕炎癥反應(yīng)。
[創(chuàng)新點(diǎn)]：本研究揭示了輻射誘導(dǎo)的EccDNA中VPS41通過促進(jìn)KAI1溶酶體降解減輕輻射損傷的新機(jī)制，為基因毒性治療損傷修復(fù)提供了新策略。
[發(fā)表期刊]：Advanced Science（IF=14.3）
[DOI號(hào)]：10.1002/advs.202501934
[發(fā)表單位]：四川大學(xué)等
[引用產(chǎn)品]：細(xì)胞系HEK 293T（CellCook）、 A375（CellCook）、 SiHa（CellCook）
[研究思路]：篩選研究染色體外環(huán)狀DNA（EccDNA）關(guān)鍵基因在輻射損傷修復(fù)中的作用機(jī)制
[研究?jī)?nèi)容]：基因毒性療法（電離輻射等）是重要的癌癥治療手段，但會(huì)引發(fā)如放射性皮膚損傷（RISI）等副作用，目前缺乏有效治療方法。EccDNA與DNA修復(fù)、基因組不穩(wěn)定性有關(guān)，本文通過電離輻射構(gòu)建大鼠放射性皮膚損傷模型，用Circle-Seq技術(shù)分析EccDNA篩選確認(rèn)其中顯著上調(diào)的關(guān)鍵基因VPS41，并于體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)VPS41與KAI1相互作用可促進(jìn)KAI1經(jīng)溶酶體途徑降解從而抑制輻射誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡，VPS41過表達(dá)能降低輻射誘導(dǎo)的細(xì)胞內(nèi)活性氧水平和DNA損傷，減少細(xì)胞凋亡和減輕炎癥反應(yīng)。
[創(chuàng)新點(diǎn)]：本研究揭示了輻射誘導(dǎo)的EccDNA中VPS41通過促進(jìn)KAI1溶酶體降解減輕輻射損傷的新機(jī)制，為基因毒性治療損傷修復(fù)提供了新策略。
（機(jī)制圖解）
03 肝癌潛在治療靶點(diǎn)——SLC13A3
[題目]：SLC13A3 is a major effector downstream of activated β-catenin in liver cancer pathogenesis（SLC13A3是肝癌發(fā)病機(jī)制中激活β-catenin下游的主要效應(yīng)因子）
[發(fā)表期刊]：Nature Communications（IF=14.7）
[DOI號(hào)]：10.1038/s41467-024-51860-2
[發(fā)表單位]：天津大學(xué)/加州大學(xué)伯克利分校等。
[引用產(chǎn)品]：細(xì)胞系SNU-398（CellCook）
[研究思路]：針對(duì)特定基因突變的信號(hào)通路中的新靶點(diǎn)作用研究
[研究?jī)?nèi)容]：肝癌是全球發(fā)病率死亡率排首位的癌癥，CTNNB1功能獲得性突變激活Wnt/β -catenin信號(hào)通路在肝癌發(fā)展中起關(guān)鍵作用，現(xiàn)有針對(duì)該通路或者通路β -catenin上游的抑制劑因給正常細(xì)胞帶來靶向毒性而存在局限性。本文通過多數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn)SLC13A3在具有功能獲得 （GOF） 突變體 CTNNB1（編碼 β-catenin 的基因）的人肝癌樣本中表達(dá)升高，并在對(duì)8種GOF CTNNB1突變和非CTNNB1突變的肝癌細(xì)胞系的SLC13A3蛋白水平檢測(cè)結(jié)果中驗(yàn)證了β-catenin激活可上調(diào)SLC13A3的表達(dá)，而敲低CTNNB1則降低其表達(dá)；利用相關(guān)數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站確定β -catenin/TCF4能直接結(jié)合SLC13A3啟動(dòng)子調(diào)控其轉(zhuǎn)錄和活性。在研究 SLC13A3對(duì)細(xì)胞代謝的調(diào)控過程中發(fā)現(xiàn)SLC13A3是低親和力GSH轉(zhuǎn)運(yùn)體，敲低它會(huì)減少細(xì)胞內(nèi)GSH影響其合成前體氨基酸，且SLC13A3通過c-MYC信號(hào)下調(diào)SLC7A5減少亮氨酸攝取，影響mTOR通路。此外研究者通過細(xì)胞和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn)敲低或敲除SLC13A3會(huì)誘導(dǎo)β -catenin激活的肝癌細(xì)胞發(fā)生鐵死亡和自噬，抑制β -catenin驅(qū)動(dòng)的肝癌發(fā)生。SLC13A3抑制劑ACA能抑制肝癌細(xì)胞生長(zhǎng)，誘導(dǎo)自噬和鐵死亡，與索拉非尼有協(xié)同作用，在體內(nèi)可有效抑制腫瘤生長(zhǎng)。
[創(chuàng)新點(diǎn)]：首次揭示了β-catenin激活下游的關(guān)鍵效應(yīng)因子SLC13A3及其重要性，為針對(duì)攜帶GOF CTNNB1突變的肝癌患者開發(fā)新的治療策略提供了潛在的靶點(diǎn)。
【參考文獻(xiàn)】
[1] Wang Y, Fan J, Meng X, Shu Q, Wu Y, Chu GC, Ji R, Ye Y, Wu X, Shi J, Deng H, Liu L, Li YM. Development of nucleus-targeted histone-tail-based photoaffinity probes to profile the epigenetic interactome in native cells. Nat Commun. 2025 Jan 6;16(1):415. doi: 10.1038/s41467-024-55046-8. PMID: 39762271; PMCID: PMC11704063.
[2] Shi B, Yang P, Qiao H, He J, Song B, Bai H, Jiang F, Zhang Y, Li Q, Yan T, Tu W, Yu D, Zhang S. EccDNA-Driven VPS41 Amplification Alleviates Genotoxic Stress via Lysosomal KAI1 Degradation. Adv Sci (Weinh). 2025 Apr 24:e2501934. doi: 10.1002/advs.202501934. Epub ahead of print. PMID: 40271553.
[3] Zhao W, Wang X, Han L, Zhang C, Wang C, Kong D, Zhang M, Xu T, Li G, Hu G, Luo J, Yee SW, Yang J, Stahl A, Chen X, Zhang Y. SLC13A3 is a major effector downstream of activated β-catenin in liver cancer pathogenesis. Nat Commun. 2024 Aug 30;15(1):7522. doi: 10.1038/s41467-024-51860-2. PMID: 39215042; PMCID: PMC11364541.
[發(fā)表期刊]：Nature Communications（IF=14.7）
[DOI號(hào)]：10.1038/s41467-024-51860-2
[發(fā)表單位]：天津大學(xué)/加州大學(xué)伯克利分校等。
[引用產(chǎn)品]：細(xì)胞系SNU-398（CellCook）
[研究思路]：針對(duì)特定基因突變的信號(hào)通路中的新靶點(diǎn)作用研究
[研究?jī)?nèi)容]：肝癌是全球發(fā)病率死亡率排首位的癌癥，CTNNB1功能獲得性突變激活Wnt/β -catenin信號(hào)通路在肝癌發(fā)展中起關(guān)鍵作用，現(xiàn)有針對(duì)該通路或者通路β -catenin上游的抑制劑因給正常細(xì)胞帶來靶向毒性而存在局限性。本文通過多數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn)SLC13A3在具有功能獲得 （GOF） 突變體 CTNNB1（編碼 β-catenin 的基因）的人肝癌樣本中表達(dá)升高，并在對(duì)8種GOF CTNNB1突變和非CTNNB1突變的肝癌細(xì)胞系的SLC13A3蛋白水平檢測(cè)結(jié)果中驗(yàn)證了β-catenin激活可上調(diào)SLC13A3的表達(dá)，而敲低CTNNB1則降低其表達(dá)；利用相關(guān)數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站確定β -catenin/TCF4能直接結(jié)合SLC13A3啟動(dòng)子調(diào)控其轉(zhuǎn)錄和活性。在研究 SLC13A3對(duì)細(xì)胞代謝的調(diào)控過程中發(fā)現(xiàn)SLC13A3是低親和力GSH轉(zhuǎn)運(yùn)體，敲低它會(huì)減少細(xì)胞內(nèi)GSH影響其合成前體氨基酸，且SLC13A3通過c-MYC信號(hào)下調(diào)SLC7A5減少亮氨酸攝取，影響mTOR通路。此外研究者通過細(xì)胞和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn)敲低或敲除SLC13A3會(huì)誘導(dǎo)β -catenin激活的肝癌細(xì)胞發(fā)生鐵死亡和自噬，抑制β -catenin驅(qū)動(dòng)的肝癌發(fā)生。SLC13A3抑制劑ACA能抑制肝癌細(xì)胞生長(zhǎng)，誘導(dǎo)自噬和鐵死亡，與索拉非尼有協(xié)同作用，在體內(nèi)可有效抑制腫瘤生長(zhǎng)。
[創(chuàng)新點(diǎn)]：首次揭示了β-catenin激活下游的關(guān)鍵效應(yīng)因子SLC13A3及其重要性，為針對(duì)攜帶GOF CTNNB1突變的肝癌患者開發(fā)新的治療策略提供了潛在的靶點(diǎn)。
【參考文獻(xiàn)】
[1] Wang Y, Fan J, Meng X, Shu Q, Wu Y, Chu GC, Ji R, Ye Y, Wu X, Shi J, Deng H, Liu L, Li YM. Development of nucleus-targeted histone-tail-based photoaffinity probes to profile the epigenetic interactome in native cells. Nat Commun. 2025 Jan 6;16(1):415. doi: 10.1038/s41467-024-55046-8. PMID: 39762271; PMCID: PMC11704063.
[2] Shi B, Yang P, Qiao H, He J, Song B, Bai H, Jiang F, Zhang Y, Li Q, Yan T, Tu W, Yu D, Zhang S. EccDNA-Driven VPS41 Amplification Alleviates Genotoxic Stress via Lysosomal KAI1 Degradation. Adv Sci (Weinh). 2025 Apr 24:e2501934. doi: 10.1002/advs.202501934. Epub ahead of print. PMID: 40271553.
[3] Zhao W, Wang X, Han L, Zhang C, Wang C, Kong D, Zhang M, Xu T, Li G, Hu G, Luo J, Yee SW, Yang J, Stahl A, Chen X, Zhang Y. SLC13A3 is a major effector downstream of activated β-catenin in liver cancer pathogenesis. Nat Commun. 2024 Aug 30;15(1):7522. doi: 10.1038/s41467-024-51860-2. PMID: 39215042; PMCID: PMC11364541.
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